Com uma porta de acesso semelhante à grande porta da Igreja, apesar de mais pequena, a Casa Mortuária está na cota inferior, tendo em conta o desnível do terreno. Os espaços que ligam o jardim e a Casa Mortuária foram cuidadosamente estudados. Um claustro faz a passagem entre o exterior e o espaço coberto.

A fachada principal da Igreja, por onde se entra no templo, é a sudoeste, aberta para uma zona muito movimentada. Semelhante a uma fortaleza, transmite um aspeto acolhedor e de refúgio. A noroeste, destacam-se os cinco enormes janelões superiores; a nordeste sobressaem os elementos curvos; enquanto a sudeste, voltada para a estrada nacional, vigora uma enorme parede branca.

Esta não é uma porta comum. Feita à medida d’Aquele que habita a Igreja, é uma porta alta, com 10 metros de altura, e representa um enorme peso na fachada do edifício.

À entrada da igreja, num espaço autónomo à esquerda, avistado de fora mas apenas acessível por dentro, está o batistério, revestido por azulejo, o que lhe confere muita claridade. Numa das paredes está um desenho de Siza sobre o batismo de de Cristo e no centro está a pia batismal.

Numa ruptura com o estilo dominante que é habitual ver, a nave da Igreja de Santa Maria dá um aspeto vazio e desmaterializado, mas tranquilo. Sobressai a ordem, o despojamento e a luz e cada elemento está, de forma natural, colocado no seu lugar.

A abertura na parede facilita a entrada de luz natural e confere ao espaço uma claridade constante.

Quebra o aspeto simétrico e tem um impacto visual muito forte. A parede curva cria uma profundidade às janelas, o que faz com que a luz que incide não seja direta nem excessiva.

Três degraus separam a nave do presbitério. Atrás do altar, há duas aberturas que o prolongam e harmonizam com todo o estilo da nave.

Elemento fundamental da igreja, o altar é formado por um bloco único de mármore de Estremoz. Pesa 10 toneladas e Siza escolheu-o pessoalmente na pedreira.